Nato nel 1943 a Lione, ha ricevuto una duplice formazione, filosofica e musicale.
Dopo gli studi di pianoforte e di composizione a Ginevra con Louis Hiltbrand (1961-1968) e con Jaques Guyonnet (1965-1970), con il quale collabora allo Studio di musica contemporanea sempre di Ginevra, Hugues Dufourt ottiene la laurea in filosofia nel 1967. Per quanto riguarda la filosofia è stato allievo di François Dagognet e Gilles Deleuze a Lione; ha inoltre partecipato a seminari tenuti da Georges Canguilhem e Suzanne Bachelard.
Nel 1968 diventa responsabile della programmazione musicale al Teatro della Città di Villeurbanne diretto da Roger Planchon, prima dunque di insegnare filosofia all’Università Jean-Moulin di Lione (1968-1973), e di diventare uno dei responsabili dell’Ensemble L’Itinéraire nel 1975. Ricercatore al CNRS dal 1977 e poi sempre al CNRS Direttore di ricerca nel 1985, fonda successivamente il CRISS o Collettivo di Ricerca Strumentale di Sintesi Sonora con Alain Bancquart e con Tristan Murail, il Centro di informazione e di documentazione/ricerca musicale (1982), il Seminario di storia sociale della musica (1984-1996), l’Ensemble Forum di Lione (1985-1989), la Formazione di dottorati in “musica e musicologia dei XX secolo (1989-1996) con il CNRS, la Scuola di studi in scienze sociali, la Scuola normale superiore e l’IRCAM.
I suoi più importanti scritti sono stati pubblicati sotto il titolo Musique, Pouvoir, Ecriture da Christian Bourgois nel 1991 (edizione italiana nella collana “Le Sfere”, Musica, Potere, Scrittura LIM-Ricordi editori, 1997).
Sul versante della composizione, del 1977 è Erewhon presentato dalle Percussioni di Strasburgo sotto la direzione di Giuseppe Sinopoli, cui segue, all’IRCAM, Saturne per 24 strumenti, diretto da Peter Eötvös. Nel 1985 l’Orchestra di Parigi con Surgir provoca un certo scandalo, mentre nel 1986 alla Scala di Milano Pierre Boulez porta al successo L’Heure des Traces. Nel 1995 approda al teatro con Dédale, opera in tre parti su libretto di Myriam Tanant. Rappresentata all’Opèra di Lione, nel 1999 ottiene il Trofeo d’oro dell’Accademia del disco lirico. La Maison du Sourd da Goya per flauto e orchestra è diretta, nel 1999 alla Biennale di Venezia, da Emilio Pomarico con Pierre-Yves Artaud allo strumento solista. Seguono lavori sempre significativi per invenzione di nuove dimensioni sonore e capacità di coinvolgere l’ascoltatore, che arrivano fino al recente brano per orchestra Voyage par-delà les fleuves et les monts presentato dall’Orchestra di Nizza e registrato su disco quest’anno dall’Orchestra del Luxembourg. Nel 1999 Dufourt approda anche alla musica per film.
Gli ultimi scritti di teoria e filosofia della musica sono raccolti in Essai sur les principes de la musique edito dalle Éditions Musica Falsa.
Le sue opere sono state eseguite in vari contesti internazionali in Europa, America, Asia e Australia, nonché edite integralmente da Jobert (Parigi) e Lemoine (Parigi). Prix du Président de la République, Prix Koussevitski, Grand Prix de l’Académie Charles Cros, Prix des Compositeurs de la Sacem e de l’Académie du disque lyrique, Hugues Dufourt è discograficamente edito da Universal-Accord e AEON.